Mezcla la harina, los huevos, 150 ml de agua, 1 cucharadita de sal y la nuez moscada en un bol grande. Bate enérgicamente durante 3–5 minutos hasta obtener una masa lisa y elástica que caiga lentamente de la cuchara. Si está demasiado espesa para pasar por la prensa, añade agua una cucharada cada vez.

Deja reposar la masa durante 10 minutos. Mientras tanto, lleva una olla grande con agua a ebullición y añade 1 cucharada de sal. Precalienta el horno a 180 °C (355 °F), calor convencional.

Derrite 30 g de mantequilla en una sartén a fuego medio-bajo. Añade las cebollas y cocina unos 15–20 minutos, removiendo de vez en cuando, hasta que estén doradas y tiernas. Baja el fuego si se doran demasiado rápido.

Engrasa una fuente apta para horno de unos 2 L con los 10 g de mantequilla restantes. Trabajando por tandas, pasa la masa por una prensa para spaetzle directamente sobre agua en suave ebullición. Cocina 2–3 minutos, hasta que floten y estén cocidos; retíralos con una espumadera y escúrrelos bien.

Coloca un tercio de los spaetzle calientes en la fuente y espolvorea con un tercio de la mezcla de quesos rallados. Repite dos veces con el resto de spaetzle y queso. Sazona con pimienta negra.

Hornea sin cubrir durante 8–10 minutos, hasta que el queso se derrita y el plato esté bien caliente. Evita hornear en exceso, ya que puede resecar los spaetzle.

Cubre con las cebollas doradas y el cebollino picado. Sirve inmediatamente, acompañado de una ensalada verde si lo deseas.