Mélangez la farine, les œufs, 150 ml d’eau, 1 c. à café de sel et la noix de muscade dans un grand saladier. Battez énergiquement pendant 3 à 5 minutes, jusqu’à obtenir une pâte lisse et élastique qui retombe lentement de la cuillère. Si elle est trop ferme pour passer dans la presse à spätzle, ajoutez de l’eau une cuillère à soupe à la fois.

Laissez reposer la pâte 10 minutes. Pendant ce temps, portez une grande casserole d’eau à ébullition et ajoutez 1 c. à soupe de sel. Préchauffez le four à 180 °C (355 °F), chaleur traditionnelle.

Faites fondre 30 g de beurre dans une poêle à feu moyen-doux. Ajoutez les oignons et faites-les cuire environ 15 à 20 minutes en remuant de temps en temps, jusqu’à ce qu’ils soient dorés et tendres. Baissez le feu s’ils colorent trop vite.

Beurrez un plat allant au four d’environ 2 L avec les 10 g de beurre restants. Par petites quantités, pressez la pâte à travers l’appareil à spätzle directement dans une eau frémissante. Faites cuire 2 à 3 minutes, jusqu’à ce que les spätzle remontent à la surface et soient cuits, puis retirez-les avec une écumoire et égouttez-les soigneusement.

Disposez un tiers des spätzle chauds dans le plat et parsemez d’un tiers du mélange de fromages râpés. Répétez deux fois avec le reste des spätzle et du fromage. Assaisonnez de poivre noir.

Enfournez à découvert pendant 8 à 10 minutes, jusqu’à ce que le fromage soit fondu et le plat bien chaud. Évitez une cuisson prolongée qui pourrait dessécher les spätzle.

Garnissez avec les oignons dorés et la ciboulette ciselée. Servez immédiatement, avec une salade verte si vous le souhaitez.